花卉研究室設有花卉種苗、百合、牡丹和花卉栽培四個課題組。是國家花卉改良中心、國家草本花卉種質資源圃、中國農業科學院花卉工程技術研究中心和牡丹研究中心、科技創新工程“花卉種質資源與育種”創新團隊的依托部門。主要從事中國起源重要花卉種質資源收集、保存與評價；月季、百合、牡丹、菊花、蘭花、火鶴和八仙花等重要花卉觀賞及抗逆性狀的遺傳機理、分子標記輔助育種及轉基因研究；重要花卉組織培養、種苗（種球）生產及高效栽培技術研究；花卉新品種包括觀賞、食用或加工兼用品種的選育、示范及推廣應用。相關研究成果在Nature Genetics、Plant Physiology & Biochemistry、Postharvest Biology & Technology、BMC Genomics、International Journal of Molecular Sciences、Scientific Reports、Frontiers in plant science、Plant Cell, Tissue & Organ、Plant Cell Report、Photosynthetica、Euphytica、中國農業科學、園藝學報等國內外期刊發表論文100多篇。選育的月季、百合、菊花、牡丹新品種獲得省部級審定證書15個，植物新品種保護權34個。制定國家農業行業標準9個，獲得國家發明專利授權15項?；ɑ苄缕贩N及繁殖技術多次獲得全國花卉博覽會、專類展覽會、2019年北京世界園藝博覽會等獎項；榮獲國家科技進步二等獎2項；省部級自然科學或科技進步獎一等獎3項，三等獎1項；中國農業科學院科技成果獎杰出科技創新獎1項，科技成果二等獎1項。